Это время используется в сложноподчиненных предложениях, когда вы рассказываете историю, которая случилась в прошлом. Компаньоном к этому времени обычно выступает Past Simple. Важно отметить, что Past Perfect, как и Past Perfect Continuous, достаточно редко используются в повседневной речи (надеюсь, я никого не обижу сказав это).

Есть три ситуации, когда Past Perfect как и Past Perfect Continuous реально используются:  

1. Когда рассказывают историю, которая произошла в прошлом.
2. В условных наклонениях третьего типа.
3. В косвенной речи.  

В этих трёх ситуациях, Past Perfect и Past Perfect Continuous используются, в остальных же ситуациях они обычно заменяются в речи на Past Simple или Past Continuous.

Например, в разговорной речи, если вы не рассказываете историю, сложно себе представить англичанина или американца, говорящего «I had already visited Verona four times by the time I saw Milan.» - К тому времени, как я увидел Милан, я уже был в Вероне четыре раза.

В школьных учебниках эти два времени обычно стоят в самом конце учебной программы, чтобы компенсировать модули, посвященные Past Simple и Present Perfect. Тем не менее, если посмотреть на частоту использования этих времен, то сразу видно, что эти времена крайне далеки по популярности от Present Perfect или Past Simple.

Подытожим, когда вы рассказываете увлекательную историю, Past Perfect Continuous будет использоваться в четырех ситуациях:

1. Чтобы рассказать, как долго длилось действие, которое было прервано другим действием (в Past Simple).

Он работал в той компании более года когда его продвинули по службе.
He had been working for that company for over a year when he was promoted.

Мы работали над проектом более года, когда выяснилось, что подрядчик нашел другого исполнителя.
We had been working on the project for more than a year when it turned out that the contractor had found another contractor.

Я работала над платьем более месяца, когда оказалось, что подходящий материал было не найти. 
I had been working on the dress for over a month when it turned out that the right material was not available.

(!) Именно это функция использования Past Perfect Continuous (когда вы рассказываете историю с длительностью действия, которое продолжалось вплоть до другого действия в Past Simple) пользуется наибольшей популярность. Получается, мы выражаем идею того, что в момент, когда что-то произошло, предыдущая ситуация продолжалась в течение некоторого времени и затем прекратилась.

2. Чтобы объяснить причину, по которой действие в Past Simple произошло:

К тому времени, мы очень замерзли, потому что ждали автобуса более трёх часов.
By that time, we were very cold because we had been waiting for the bus for more than three hours.  

Я убирала весь день, поэтому была уставшей.
I had been cleaning all day, so I was tired.

3. Чтобы обозначит контекст истории:

Я искала няню для ребенка около трех месяцев и очень обрадовалась, когда нашла Анну.
I had been looking for a nanny for my child for about three months and was very happy when I found Anna.

Они жили в Лондоне больше месяца, когда поняли, что шансы найти работу выше в других городах.
They had been living in London for more than a month when they realized their chances of finding work were better in other cities.

4. Чтобы описать видимый результат, делая упор на длительности предшествующего этому результату действия:

Когда я проснулась везде лежал снег так как всю ночь шел снег.
When I woke up there was snow everywhere because it had been snowing all night.

Дождь шел к тому времени уже более суток и на улицах образовались глубокие лужи.  
By that time it had been raining for more than a day and deep puddles had formed on the streets.

Повторюсь, native speakers в более простых и повседневных фразах не будут использовать эти сложные конструкции, а обойдутся Past Simple или Past Continuous.

Например:

Анна вернулась из Германии где изучала Немецкий.
Anna returned from Germany where she studied German.

Она занималась более пяти лет до того, как стала чемпионкой.
She trained for more than five years before becoming a champion.

Ребята были мокрые, так как играли под дождем.
The guys were wet because they played in the rain.

Как долго вы жили в Испании до переезда в Италию?
How long did you live in Spain before moving to Italy?

Перед переездом мы около 2 месяцев делали ремонт в нашей новой квартире.
Before moving, we spent about 2 months renovating our new apartment.

Я ждал автобус 20 минут, прежде чем он прибыл.
I waited for the bus for 20 minutes before it arrived.